1 免疫印跡(western blot)灰度值(gray scale)計算實操
1.1 image J 分析灰度值
1.1.1 打開 image J;
(圖1 image J打開界面)
1.1.2 打開需要分析的圖片:“file- open- 找到圖片”;
(圖2打開需要分析圖片界面展示,此處展示的內(nèi)參β-ACTIN)
(圖3 western blot 圖片轉(zhuǎn)換為灰度圖設(shè)置)
1.1.4 將圖片背景灰度統(tǒng)一:“process- Subtract Background”,然后將“rolling ball radius,參數(shù)設(shè)置為50”,復(fù)選框選中l(wèi)ight background;此處的設(shè)置能夠消除背景的影響;
(圖4 圖片背景灰度統(tǒng)一設(shè)置)
(圖5 圖片背景灰度統(tǒng)一設(shè)置參數(shù)調(diào)整)
(圖6 完成灰度背景統(tǒng)一設(shè)置后圖片展示,可見背景顏色一致)
1.1.5 翻轉(zhuǎn)圖片的黑白:“edit- invert”;
(圖7 圖片黑白翻轉(zhuǎn)設(shè)置)
(圖8 圖片黑白翻轉(zhuǎn)后展示)
1.1.6 分析測量設(shè)置:“Analyze>Set Measurements,選擇Area面積、平均灰度值Mean gray value、極大小灰度值 min& max gray value、積分灰度值Integrated dendity”;
(圖9 測量參數(shù)設(shè)置命令操作)
(圖10 參量參數(shù)復(fù)選框設(shè)置)
1.1.7 將測量的單位設(shè)置為像素 pixels:“analyze- set scale”;
(圖11 測量單位定義為像素 pixels設(shè)置)
(圖12 設(shè)置為像素的相關(guān)設(shè)置,并定義到全部Global)
2.1 條帶的選擇和對應(yīng)光密度的測量:圖15紅色箭頭指向,分別表示舉行,橢圓、和不規(guī)則圖形,我一般比較喜歡用矩形選框;
(圖13 選擇條帶的框)
2.2 測量印記的灰度值,使用矩形/橢圓/不規(guī)則選框選擇需要測量的印記,然后使用快捷鍵(ctrl + M)或者菜單命令“analyze- measure”,盡量使用同一個框去測量所有灰度條帶(不是必須);
(圖14 選中需要測量的印記條帶)
2.3 獲得對應(yīng)條帶數(shù)據(jù);
(圖15 測量結(jié)果展示,紅框標記部分IntDen即為本次測量的光密度數(shù)值)
2.4 條帶數(shù)據(jù)的保存;
(圖16 數(shù)據(jù)導出設(shè)置)
(圖17 導出數(shù)據(jù)命名設(shè)置)
采用同樣的辦法,將目標蛋白的灰度值計算出來!
3 GraphPad軟件統(tǒng)計分析與作圖
3.1 首先使用excel對蛋白相對表達進行預(yù)處理,其中target protein 和 β-Actin的數(shù)據(jù)是通過image J測量獲得的灰度值值,而relative expression數(shù)值來自于target protein灰度值/β-Actin灰度值;
(圖18 Excle預(yù)處理數(shù)據(jù)示意圖)
3.2 打開GraphPad,選擇“column”,然后點擊create即可;
(圖19 創(chuàng)建GraphPad 柱狀圖column操作)
3.3 對新建的表格進行命名,左側(cè)紅框表示分析時間+分析內(nèi)容;右側(cè)紅框上邊是陰性組NC和處理組Treat,下邊對應(yīng)的數(shù)值是本次檢測蛋白相對表達的灰度值(GraphPad 轉(zhuǎn)置粘貼快捷鍵“ctrl + shift+ T”);
(圖20 新建數(shù)據(jù)表格命名以及數(shù)據(jù)張貼)
3.4 數(shù)據(jù)分析“analyze”;
(圖21 數(shù)據(jù)統(tǒng)計選框)
3.5 統(tǒng)計方法的選擇,在此,因只有兩組數(shù)據(jù),我們選擇 t test,然后點擊OK,即可;
(圖22 選擇 t test操作)
3.6 使用參數(shù)非配對t test,如圖中紅框所示;
(圖23 使用參數(shù)非配對t test)
3.7 統(tǒng)計結(jié)果解釋說明,P value表示統(tǒng)計差異(<0.05即表示有統(tǒng)計學差異),P value summary這里的幾個星標可以用于后期作圖,一般用1-3顆星即可,significantly different是對P value的進一步說明;
(圖24 統(tǒng)計結(jié)果展示)
3.8 作圖,點擊左側(cè)Graphs對應(yīng)的統(tǒng)計表格名稱即可,后側(cè)是提供的圖片展示類型,一般差異較小的使用mean/median & error;誤差線 error bar 可選擇SD或者SEM
(圖25 數(shù)據(jù)作圖以及圖片展示類型選擇)
(圖26 圖片根據(jù)默認獲得的圖片展示)
3.9 圖片美化
3.9.1 首先將主要title和X title刪除,并對X-Y周進行命名;
(圖27 刪除多余title和X-Y軸命名后圖片展示)
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